从此，他的军队规模迅速扩大，但领土太少，筹集粮饷困难的问题也随之而来，没办法，郑成功只得挥兵南下。
其时的闽南，局面极度混乱，明、清的官军你争我夺，以死相搏，土豪、山贼也乘势拥据城寨，相互争并，而且就近向百姓课收钱粮。
郑成功率部打击闽南的清军，也沿路收服各地的城寨以为粮源，先后攻取了清军占据的漳浦、云霄等地，平定了达濠、霞美等寨，再攻诏安不克，转入粤东，经分水关至潮州一带征讨不合作的零星势力，又第次收服了潮阳以及周边许多山寨，抵达潮州。
潮州守将郝尚久，虽已随李成栋反清，但曾袭击过施琅、郑鸿逵等部，也曾拒绝过郑成功“联军”的要求，在郑军攻打新墟寨时还曾派兵与之为难，郑成功以其立场“不清不明”为由，出兵击之。
郝部不敌，退守府城，揭阳、普宁、惠来等县尽被郑成功所部占领。适逢清军再次进攻广东，郝尚久背腹受敌，负气降清，引清军对抗郑军。郑军围城三月不克、士气低落，粮饷接济又困难，不得不解围退回闽南。
无疑地，通过这次出征，郑成功认识到，一支军队，除了旗帜，还必须要有自己的根据地，这才打定了收取厦门的主意。
计取厦门不久，郑成功即接到了永历帝令其南下勤王的急檄，命叔父郑芝莞留守厦门，唯恐有失，又让居于广东揭阳的郑鸿逵移师往厦门协防，自己则亲自率兵南下。
既已奉永历年号为正朔，郑成功便一心要护得永历帝安全，也不顾天气，一路上只管率舰队前行，抵南澳稍作补充后，即又出发。
至盐州港附近，风暴骤起，亏得主副中军船的两位驾驶，郑成功的主船才没有解体、翻覆，但是，几乎所有船上器具，包括鼎灶都一并丢失，郑成功连饿两餐，直到隔天下午风雨渐歇，主副座船才得以回到岸边跟舰队会合。
郑成功并没有因此而动摇勤王的决心，不过停顿了两天，继续前进，终按预定计划抵达广东大星所（今广东惠东）。
郑成功长舒了一口气，却不怠慢，上岸后，立即召集诸将商讨进兵之策。
郑成功率兵南下勤王不久，清福建巡抚张学圣即得到了消息，冲向命马得功、王邦俊等道“郑成功的主力赶往广东，厦门的防务必定松散，我等正好乘虚攻取厦门。”
诸将纷纷附和道“所言甚是，别处都在建功，我等也不该袖手旁观，免得落在了别人的后面。”
镇江总兵马得功却突然道“理儿倒是这么个理儿，而且厦门乃郑成功新建的巢穴，其子其妻均居于此，珠宝财物指定少不了，但是，要取厦门须得横跨大海，我们的船舰不足，又该如何是好？”
经了他这一提醒，诸将以为然，一齐看着张学圣。
张学圣笑了笑，故作高深地道“这个无妨，郑成功之叔郑芝豹现在南安，我已命人挟持了他，命其交出船舰渡载我军前往厦门，这个郑芝豹可不同于郑成功，一心要跟其兄郑芝龙归降，没费多大劲儿，他就同意了。
现在的问题是，居于广东揭阳的郑鸿逵正往厦门赶，我等务须尽快击溃负责厦门防务的郑芝莞，而后迅速地接受厦门的防务，以防备郑鸿逵。
郑鸿逵虽不比郑芝豹，却最看重亲情，迫不得已，以其母、其兄的性命相威胁，应该也能奏效。”
诸将闻言，尽皆大喜，马得功却又沉思着道“厦门既是郑成功新建的老巢，若知厦门有失，必誓死相争，我等未必就能守得住厦门，与其跟他死拼，倒不如咱们先抄了他的后路，他必元气大伤，我等慢慢再消灭之，或许能更有利。”
诸将自然也不想死战，不由又转头去看张学圣。
张学圣懂得诸将的心思，更知道马得功的盘算，心中不愿，却碍于他乃此次作战的主力，不好直接反驳他，又不想把这责任揽到自己头上，暗自叹了口气道“战场形势千变万化，视情而定吧。”
马得功明白他在推脱责任，但心中主意既定，领了命只管按自己的主意行动，日后果被逮捕治罪，且不去说。
单说郑芝莞，见清军来袭，未战先怯，只顾着将财物搬运至私人船上逃亡，让清军轻松地就破了厦门。
事出突然，董夫人和郑成功长子郑经只来得及携带祖宗牌位避于海上逃过一劫。
马得功率部把郑家的积蓄、装备掠夺一空，装船回返，恰跟赶赴厦门协防的郑鸿逵及其所部遭遇，郑鸿逵竟果如张学圣所料放过了他们。
因为形势变化得太快，永历帝又不停地在逃亡，再三反复，郑成功的进军方案才总算定了下来。
未及松口气，厦门遭袭的消息就传了过来，全军思归，哭声遍闻，原要继续南下勤王的郑成功不得不班师回厦门。
回到厦门，郑成功斩杀了怯战逃跑的叔父郑芝莞，放走马得功的郑鸿逵深为愧疚，主动交出兵权，自请退隐东石镇白沙，不