这二十年的和平只是说没有爆发大规模战争，或者说只是对于木叶而言，期间忍界并非完全没有争斗的，小规模的武装冲突其实时常发生。但其中就有一场蓄谋已久，由多个国家参与的一场灭国战争，发生在第二次忍界大战前，并且在日后影响了整个忍界的未来。
这个国家就是涡之国。根据长门和玖辛奈的年龄以及经历推算，涡之国的灭亡就发生在这二十年的后期，第二次忍界大战爆发前五年左右（之后我会专门做一次关于涡之国的内容）。漩涡一族从此隐姓埋名，流落世界各地。漩涡长门一家迁徒至雨之国，漩涡玖辛奈被派往了木叶，成为了九尾人柱力。
之所以要说到涡之国的灭亡，不仅因为这个事件对整个忍界未来的重要影响，更主要的是它对第二次忍界大战也可能有直接或间接的推动作用。长门和玖辛奈也是这次大战中的重要人物。
不少火迷都认为，涡之国的灭亡就是第二次忍界大战的，虽然有一定的可能性，但我觉得这种可能性不大。
岸本对于第二次忍界大战情况的介绍并不详细，但这次大战埋下了很多伏笔，改变了许多人的命运，而这些人又影响和改变了整个忍界。第二次忍界大战的影响力，可以说是四次大战中最重要的。
在目前的官方资料里，没有正面介绍大战的真正，因此也只能从结果去推倒原因。所以，我们先进入正题——第二次忍界大战的那些事。
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在木叶三十年代（因为无法确定是在木叶3040中具体哪一年，只能给这样笼统的时间），位于风火土三国中间的小国——雨之国，此时雨隐村的村长是有"忍者半神"之称的山椒鱼半藏，虽为小国但却有不亚于三大国的武力。四国的矛盾冲突激化，终于由火之国挑起事端，与雨之国开战，第二次忍界大战开始。
开战后，木叶忍者大举攻入雨之国，雨之国沦为了战场。战争中雨之国民流离失所，许多人在战争中丧生，漩涡长门的父母被木叶忍者误杀，长门成为了孤儿，种下了对木叶的仇恨。
随后，风之国和土之国也向雨之国开战，砂隐村和岩隐村忍者也攻入了雨之国。火雨两国是最先交战的，山椒鱼半藏在当时几乎是忍界巅峰水平的实力，与木叶的战斗中未有败绩。自来也、纲手、大蛇丸也被木叶派往雨之国战场，三人也与半藏交战不敌，但三人不俗的战力和绝不放弃的精神使半藏生出惜才之情，因此被留住性命，还得到"三忍"的名号，可谓一战成名。
虽然没能战胜半藏，但木叶整体实力胜过雨隐村，而且雨隐还同时面对风之国和土之国两大强敌。最终，两国以木叶胜出而签订停战条约，木叶忍者撤出战场。在木叶忍者陆续撤离过中，发生了一段小插曲，三忍偶然相遇长门、弥彦、小南三个孤儿。自来也出于歉疚和怜悯，决定独自留下照顾并教导他们。
火雨两国停战后，雨之国仍然与风土两国继续着战争。砂隐村超一流的傀儡师千代婆婆也被派往战场，与山椒鱼半藏多次交战，曾破解了半藏的毒，雨之国也在战场上处于下风。之后，火之国和风之国关系破裂，两国开战。风之国遂和雨之国停战，砂隐村忍者转投风火两国的战场。
期间，砂隐村的忍者在战场中使用千代婆婆的毒药进行战斗，已经成名的纲手和大蛇丸被派往战场，纲手以出色的医疗忍术破解了毒药。千代研毒用毒，纲手研毒解毒，两人在战场上以医疗忍术进行了一场别开生面的对决，最终纲手解毒更胜一筹。此战中，纲手作为医疗忍者大放异彩，"医圣"的地位由此奠定。除了纲手，木叶上忍旗木佐云也在战场上立下赫赫战功，因其手持散发白光的查克拉短刀而被人称为"木叶白牙"。千代婆婆的儿子和儿媳也在此战的一次任务中，被其所杀。
虽然，火之国在战争中始终稍占上风，但是仍无法一举击溃风之国，而成为一场持久战。随着战争伤亡的增加，战场规模的不断扩大，两国对战力的使用激增。年幼的下忍也作为战力，开始被派往战场执行任务。纲手的弟弟千手绳树、宇智波美琴、漩涡玖辛奈、波风水门等从木叶的忍者学校毕业后，也踏入战场。
风火两国酣战之时，雨之国和风之国的战争在还在持续。虽然被风火两国轮流虐了一次，雨之国却依然能与五大国之一的土之国僵持，没让土之国占到多少便宜。此后，土之国和雷之国也有交战。风雨两国停战后，持续了三年多的时间，雨之国的战争才渐渐停歇。此时，长门、弥彦、小南的忍术也有小成，自来也回归木叶，参与火之国的对外战争。
风火两国的战争持续了数